クロオオアリの永遠の謎

傷とはなんのことでしょう？言っている意味が分かりません。また写真も不鮮明で参考になりませんでした。
外に出てくるアリの腹部の話ですが、外に出てくるアリがお腹パンパンでは、見つけた餌を持ち帰ることができないので当然素嚢の中身は空に近い状態だと思います。逆に栄養分を蓄える役目のアリは巣の中にいます。外に出て死んでしまったら集めた栄養が無駄になりますから。
繭の話は状況がよく分かりませんし言っている意味も分からないので答えられません。

1つ目の黒い傷というのは、メジャーになる幼虫につけられる傷のことですよね？
だとしたら、まだメジャーが最大サイズではないのではないでしょうか。
2つ目はやまださんが回答しているため省略します。
3つ目は、状況はわかりましたが、ガシャガシャの意味がわかりません。
おそらくストレスなので、繭を取り出すのは控えて、暗くて振動しない環境においておくとよいでしょう。